Ngày 22-6-1941 Đức quốc xã xâm lăng Liên xô. Đây là một diễn biến ra ngoài suy đoán của Mao và làm Mao mất ngủ nhiều ngày. Vốn lệ thuộc vào Liên xô quá nhiều, Mao biết rằng một Liên xô suy yếu sẽ không thể nào giúp Mao đạt được mục đích của mình. Mao ban lệnh cho hồng quân: Ngưng ngay chiến dịch chống Tưởng.

Tháng 7 năm đó Stalin yêu cầu Mao xuất quân đánh Nhật (để ngăn chặn Nhật hợp tác với Đức quốc xã tấn công Liên xô), Mao đòi chi tiền. Dimitrov (Chủ tịch Quốc tế Cộng sản đệ tam) chi ngay 1 triệu Mỹ kim. Ấy thế mà tại cuộc họp Trung ương đảng Mao đưa ra kế hoạch: Nếu Nhật đánh Liên xô, hồng quân không được can thiệp, vì "quân ta không đủ sức đánh Nhật, mọi sự can thiệp đều đưa tới những thiệt hại to lớn không thể sửa chữa được. Tuy thế bề ngoài vẫn phải giả bộ là đang hết lòng giúp Liên xô". Dĩ nhiên không phải Stalin không biết chuyện đó, nhưng vì quyền lợi lâu dài Liên xô vẫn tiếp tục giúp Mao.

Trong khi không phải đánh nhau với Nhật và Tưởng, Mao quay về củng cố quyền hành và xây dựng một chế độ cộng sản dựa vào khủng bố và tẩy não tại Diên An. Lúc này hồng quân có khoảng 700 ngàn người, đa số là mới gia nhập khi phong trào chống Nhật lên cao. Những hăng say ngày mới gia nhập hồng quân đã nhanh chóng đổi thành bất mãn, khi chứng kiến sự bất công ở đây: Chế độ ăn uống chia làm ba loại: tiểu táo, trung táo và đại táo. Tiểu táo chỉ ăn bằng nửa của trung táo, còn đại táo thì muốn gì được nấy. Lãnh đạo có nhà thương riêng, con cái của họ thì có người hầu, còn dân chúng không có gì ăn, bệnh hoạn không được cứu chữa, thuốc men cũng không có. Cán bộ đảng giải thích sự bất bình đẳng này là do yêu cầu của đảng: "Mao chủ tịch phải ăn một ngày một con gà do yêu cầu của đảng". Mao chủ tịch còn trưng dụng luôn chiếc xe duy nhất ở Diên An lúc đó làm xe riêng. Chiếc xe này do Công đoàn giặt TQ ở New York gửi tặng để chở thương binh, nhưng Mao đã tư hữu nó.

Dưới bàn tay phù thuỷ của Mao, Diên An biến thành một nhà tù khổng lồ. Những kẻ bỏ trốn bị xử tử công khai khi bị bắt lại. Mao phát động chiến dịch "chỉnh huấn", theo đó bất cứ ai cũng có thể là gián điệp do Tuởng gài lại nên tất cả đều phải trải qua thanh lọc và học tập. Hàng trăm ngàn người bị ép phải tố giác lẫn nhau qua phong trào phê và tự phê. Mọi người bị buộc phải viết nhật ký và phải nộp cho đảng kiểm soát. Họ bị buộc phải tố cáo nhau là gián điệp để đạt được yêu cầu của Mao (Mao ra lệnh cho các vùng cộng sản khác cũng phải tổ chức phong trào "chỉnh huấn" giống như Diên An, và phải móc ra 10% là gián điệp). Biết bao nhiêu thanh niên tình nguyện vào đây chỉ vì lòng yêu nước đã bị giết vì bị nghi ngờ là gián điệp. Một số khác phải tự tử, hoặc phát điên.

Chỉ sau hai năm chính sách tẩy não và khủng bố của Mao đã biến mấy trăm ngàn thanh niên thành những bộ máy. Họ nói y hệt như nhau về mọi vấn đề, kể cả về tình yêu. Không ai dám kể một chuyện cười, Mao không những chính thức ban lệnh cấm mà bất cứ một lời than phiền hay bất mãn gì đều bị coi là gián điệp. Mao hoàn toàn thành công: Chính sách khủng bố tàn bạo của Mao đã không những không để lọt lưới một gián điệp nào của Tưởng mà còn bẻ cong hết mọi ý chí phản kháng của dân chúng. Điển hình là Vương Thực Vị, một văn sĩ trẻ, chỉ 35 tuổi khi đợt chỉnh huấn đầu tiên bắt đầu năm1942, đã viết những bài báo tường sôi nổi về sự bất công ở Diên An. Năm 1944 khi báo chí được phép vào Diên An, ông được đẩy xe lăn ra và luôn miệng lắp bắp: "Tôi đã chống Mao chủ tịch. Tội tôi đáng chết, nhưng Người đã tha tôi sống, tôi muôn ngàn lần cảm ơn". (Ông bị cộng sản xử tử khi họ rời bỏ Diên An năm1947)

Mùa xuân năm 1945, để chuẩn bị chiến tranh với Tưởng, Mao công khai xin lỗi những nạn nhân của mình bằng những lời nói giả dối trơ trẽn, kiểu như: "Thay mặt Trung ương đảng tôi xin lỗi", "Chúng ta đánh kẻ thù trong đêm tối, chẳng may làm tổn thương người mình" hoặc đạo đức giả "Cũng giống như cha đánh con mà, đừng buồn bực nữa". Mặc dù thế, những lời nói giả dối này đã tỏ ra có hiệu quả: Những nạn nhân còn sống sót của Mao đã tiếp tục theo Mao đánh Tưởng, giúp Mao xây dựng thành công chế độ cộng sản phi nhân tính trên nước TQ và được Mao ban ơn bằng không phải chỉ một mà nhiều đợt chỉnh huấn khác nữa.

Ngoài ra trong âm mưu biến Tưởng thành một hình ảnh tàn nhẫn, hòng khơi dậy lòng căm thù của đảng viên đối với Tưởng, Mao đã lạnh lùng không động một ngón tay khi em mình, Mao Trạch Dân, vợ và con cùng với hơn 140 đảng viên cộng sản bị bắt ở Tín Giang. Tin này tới tai Liên xô qua ngã Trùng Khánh, và Liên xô đã thông báo cho Chu Ân Lai để báo lại cho Mao. Sở dĩ Mao không làm gì vì ý đồ Mao là sẽ biến cuộc xử bắn 140 người này thành một sì-căng-đan, nào ngờ Tưởng cuối cùng chỉ xử tử Mao Trạch Dân và hai cán bộ cộng sản khác. Những người khác, kể cả vợ và con của Mao Trạch Dân được thả.