Một mục đích khác của cuộc Cách mạng văn hóa là thanh trừng thành phần theo Liên xô trong đảng CSTQ. Vì thế khi cuộc Cách mạng văn hóa kết thúc, ngày 2-3-1969 Mao chọn một hòn đảo nhỏ, tiếng TQ là Trân Bảo (Zhenbao), tiếng Nga là Damansky trên sông Ussuri dọc theo biên giới TQ-Nga mà tổ chức một cuộc phục kích quân đội Nga trú đóng ở đây, lấy cớ là hòn đảo này thuộc chủ quyền TQ. Mao không ngờ Liên xô phản ứng lại bằng một trận đánh dữ dội có xe tăng và pháo binh. Kết quả 800 lính TQ thiệt mạng (bên Liên xô tổn thất 60 lính). Quân Liên xô cũng bắn pháo vào đất liền TQ xa tới 20 cây số. Điều này làm Mao lo sợ là Liên xô sẽ xâm lăng TQ. Mao liền ra lệnh ngừng chiến.

Đại hội ĐCSTQ lần thứ 9 xảy ra như đã kể ở trên trong lúc Mao đang lo sợ Liên xô xâm lăng. Vì thế 2000 đại biểu về dự đại hội đều bị nhốt trong khách sạn, không ai được ra ngoài, thậm chí có lệnh không ai được mở màn ngó ra ngoài đường. Đại sảnh tổ chức đại hội cũng thế, được che màn kín để ở ngoài không ai biết là bên trong đang có đại hội.

Sau đó Mao cho xây dựng một số núi giả, bề ngang 250 tới 400 m, dầy 120 tới 200 m, cao 20 tới 40 m phía bắc Bắc Kinh nhằm ngăn chặn xe tăng Liên xô tiến vào Bắc Kinh. Đây là một công trình rất tốn kém, và hoàn toàn vô ích, nên sau này bị huỷ bỏ.

Mao cũng e sợ Liên xô sẽ tấn công căn cứ chế bom nguyên tử của mình, nên đã nhiều lần cử Chu Ân Lai gặp Thủ tướng Nga Kosygin để yêu cầu đặt căn cứ chế bom nguyên tử ra ngoài mục tiêu tấn công của Liên xô, nhưng không được Kosygin đồng ý.

Mao có nhiều cái sợ vô lý. Thí dụ khi phái đoàn Liên xô bay tới Bắc Kinh tham dự cuộc họp giữa hai nước về biên giới, Mao lo sợ là chiếc máy bay chở phái đoàn Liên xô sẽ mang theo bom nguyên tử, chứ không phải nhân viên thương thuyết, nên ông rời Bắc Kinh đi Vũ Hán "lánh nạn" trước đó mấy ngày. Cả Chu Ân Lai, Giang Thanh và Lâm Bưu cũng đi trốn, trong khi quân đội TQ nhận được báo động đỏ. Cuộc báo động giả này vậy mà kéo dài tới 4 tháng, lôi kéo hàng triệu người vào một công trình đào hầm chống bom nguyên tử cho Mao và cán bộ cấp cao trú ẩn. Một căn hầm ở Trung Nam Hải được xây cất nối liền với Thiên An môn, Nhà Đại sảnh Nhân dân, tư dinh Lâm Bưu và một nhà thương bí mật bằng những đường hầm rộng lớn đủ cho 4 chiếc xe chạy song song. Căn hầm được xây cất kiên cố đủ sức chống đỡ bom nguyên tử.